A partir de la segunda mitad del siglo XIX comienza para la Hermandad un periodo de vicisitudes, que la obligan a cambiar de templo. El primero de estos traslados se debió a la decisión tomada por la Junta Revolucionaria de derribar la Parroquia del Arcángel San Miguel, y se confirma la fidelidad de este acontecer en el Acta de la Junta de Oficiales celebrada el día 19 de Octubre de 1868 en casa de la Sra. Camarera Mª Jesús del Amor Pérez de León y Diote (hija de José Pérez de León fallecido en 1851), por estar la Iglesia Parroquial del Arcángel San Miguel, sigue diciendo el Acta, intervenida por la Junta Revolucionaria.
Textualmente, y por palabra del Secretario, en la citada Acta se dice: que gracias al celo que por nuestras efigies tiene N.H. camarera se debía el que N.H.D. Miguel López se personase al tribunal eclesiástico para pedir la venia al Sr. Provisor para trasladar N. efigies a la basílica parroquial de San Vicente Mártir y que las Imágenes estuviesen depositadas en la casa de N.H.D Manuel Gómez de la Lama, lo que oído por los concurrentes se aprobó. En el siguiente Cabildo celebrado por la Junta de Oficiales el día 30 de Noviembre de 1868, que tuvo lugar en la Sala Sacramental del templo de San Vicente, se desestimó la traslación de la Archicofradía a la citada Parroquia, debido a que en la capilla ofrecida no se podían colocar nuestras Imágenes con desahogo y decoro.
El Domingo 7 de Marzo de 1869 celebra la Archicofradía Cabildo General en la Iglesia de Nuestra Señora de Consolación del extinguido convento de los P.P. Terceros, templo en el que ya estuvo establecida, y en el Acta del citado Cabildo hay un informe que literalmente dice: cuenta a la hermandad de los gastos suplidos por D. Miguel López para la traslación de las Imágenes y efectos de la misma, como axial mismo de haberse colocado las mencionadas Imágenes en el altar de su propiedad en los Terceros y que los efectos estaban almacenados en una cuadra del palacio del Excmo. Sr. Duque de Berwick y de Alba frente a las Dueñas.
Se confirma por las Actas transcritas que, aunque fugazmente, estuvo la Hermandad establecida en la Iglesia Parroquial de San Vicente y que el traslado desde la Iglesia Parroquial del Arcángel San Miguel a la de Nuestra Señora de Consolación fue entre el Domingo 3 de Marzo de 1868, fecha en que la Archicofradía celebra por última vez Cabildo de Oficiales en la Iglesia Parroquial del Arcángel San Miguel, y el Domingo 7 de Marzo de 1869, fecha del Cabildo General celebrado en la Iglesia de Nuestra Señora de Consolación.
Poco tiempo permaneció la Hermandad en la Iglesia de Nuestra Señora de Consolación, ya que el día 11 de Marzo de 1870, se trasladó a la iglesia del Dulce Nombre de Jesús, situada en la collación de San Vicente, en el sitio llamado de los Baños, y que había pertenecido al convento de las Religiosas Agustinas Calzadas.
Esta Iglesia había sido comprada por la hermana Camarera María Jesús del Amor y Pérez de León, para el culto de Nuestras Sagradas Imágenes y sede de la Archicofradía. La Actas enmudecen desde 1872 hasta 1899, y no se realiza la Estación de Penitencia. Sin embargo si hay constancia por las Convocatorias conservadas en el Archivo de que un grupo de Hermanos mantuvieron el Culto al Cristo del Amor. En Julio de 1899 aparece registrada, de nuevo, un Acta de cabildo General en la que nombra Junta interina presidida por Manuel Jesús del Amor Laraña y Fernández, y se decide recoger el Paso del Cristo del Amor que estaba cedido a la Hermandad del Museo.